货物进出出口加工区的报关程序是一个涉及多个环节且严谨规范的过程，涵盖了货物进区和出区的不同流程，每个环节都有其特定的操作要求和所需单证。

首先来看货物进区的报关程序。当企业有货物要进入出口加工区时，第一步是进行备案。企业需向海关办理加工贸易手册备案或者其他相关的备案手续，这需要提供企业的营业执照、加工贸易合同等一系列资料，海关会对这些资料进行审核，确认企业的经营资格和加工贸易业务的合法性。备案完成后，货物运抵出口加工区时，企业要向海关申报。企业需填写出口加工区进境货物备案清单等报关单证，同时提交相关的商业发票、装箱单等。海关接到申报后会进行查验，查验的内容包括货物的品种、数量、规格等是否与申报单证一致，以及货物是否符合出口加工区的监管要求。如果查验无误，海关会办理进区手续，货物正式进入出口加工区存储或进行加工等操作。

接下来是货物出区的报关程序，这里又分为多种情况。第一种情况是内销。当出口加工区内的货物需要内销时，企业首先要向海关申请内销审批。企业要提交内销申请报告，说明内销的原因、货物的具体情况等。海关会根据企业的申请进行审核，审核通过后，企业需向海关申报内销报关手续。此时，企业要按照进口货物的相关规定缴纳进口关税和进口环节税，关税的计算要根据货物的完税价格和相应的税率来确定，进口环节税包括增值税等。例如，若内销的货物完税价格为100万元，关税税率为10%，增值税税率为13%，那么关税就是100×10% = 10万元，增值税就是（100 + 10）×13% = 14.3万元。第二种情况是加工贸易深加工结转。出口加工区企业之间进行深加工结转时，要先办理结转备案手续。转出企业和转入企业需分别向各自的主管海关办理结转备案，提交结转申请表等单证。备案完成后，再办理结转报关手续。转出企业要填写出口加工区出境货物备案清单等单证，向海关申报货物转出；转入企业则要填写进口货物报关单等单证，向海关申报货物转入。海关会对结转的货物进行监管，确保结转过程符合规定。第三种情况是转至其他出口加工区。货物转至其他出口加工区时，转出企业要向海关办理货物的结转报关手续。企业需填写出口加工区出境货物备案清单等单证，申报货物的转出情况，海关审核通过后，办理货物的结转出境手续，然后转入企业在其所在地海关办理相应的结转进境手续。

此外，还有其他一些特殊情况的出区报关，比如货物退运出境等。当出口加工区内的货物需要退运出境时，企业要向海关申报退运报关手续，填写出口加工区出境货物备案清单等单证，海关查验无误后办理退运出境手续。

在整个货物进出出口加工区的报关程序中，企业要严格按照海关的规定办理各项手续，确保报关单证的真实性、准确性和完整性。海关则会依据相关法律法规和监管要求，对货物的进出进行严格监管，保障出口加工区的正常运营和国家税收等方面的权益。同时，企业还需注意不同环节的时间要求，及时办理相关手续，避免因延误而产生不必要的费用或法律风险。货物进出出口加工区的报关程序环环相扣，企业和海关都要认真履行各自的职责，以保证整个流程的顺利进行。